انتخاب روش تصفیه با در نظر گرفتن نوع آلودگی و نحوه حذف آن صورت می‌پذیرد. از آنجایی که استانداردهای زیست محیطی بین‌المللی در حال سخت‌تر شدن هستند ، فناوری‌های جدید نیز برای حذف آلاینده های آلی از جمله رنگ‌ها در حال توسعه هستند. در این میان، روش‌های بیولوژیکی (تجزیه زیستی)، شیمیایی (کلرزنی و استفاده از ازن) و روش‌های فیزیکی مانند جذب بیشترین استفاده را دارند. به عنوان مثال فرآیندهای حذف بیولوژیکی با استفاده از بسترهای باکتریایی معمولأ در تصفیه پساب͏ های صنعتی به دلیل حضور میکروارگانیزم͏ هایی از جمله باکتری͏ ها، جلبک͏ ها، قارچ͏ ها و… که توانایی تجزیه آلاینده͏ ها را دارند استفاده می͏ شوند. از جمله مزایای این روش هزینه نسبتأ پایین تصفیه و عدم سمیت محصولات نهایی است. این فرایند ممکن است هوازی، بی͏ هوازی یا ترکیبی از این دو باشد. به طور کلی این روش تصفیه به دلیل تغییر ترکیبات فاضلاب کمتر مورد استفاده قرار می‌گیرد . همچنین در این روش مساحت بالای زمین و زمان طولانی برای تصفیه پساب نیاز است. با این وجود بسیاری از مولکول͏ های آلی همانند رنگ͏ ها به دلیل ساختار پیچیده خود تجذیه͏ پذیر نبوده و اغلب تصفیه بیولوژیکی به صورت کامل صورت نمی͏ گیرد. روش انعقاد و لخته͏ سازی یکی از روش͏ های شیمیایی جهت تصفیه پساب͏ های رنگی است. در این روش عمل تصفیه با افزودن عوامل منعقدکننده مانند آلومینیوم، کلسیم و یون͏ های آهن به پساب رنگی صورت می͏ گیرد. این روش دارای صرفه اقتصادی بوده اما اشکال اساسی این فرایند تولید حجم بالایی از لجن است. همچنین این روش برای تصفیه پساب حاوی رنگ͏ های با حلالیت بالا مناسب نیست. در نتیجه به طور کلی برای حذف رنگ͏ های راکتیو، آزو واسیدی و به ویژه بازی کارامد نیست. ازجمله دیگر روش͏ های تصفیه شیمیایی کم هزینه و معمول می͏ توان به عملیات کلرزنی اشاره کرد. از معایب این روش می͏ توان به این موضوع اشاره کرد که محصولات فرعی تولید شده در اثر فرآیند کلرزنی از جمله ارگانوکلرین͏ ها و تری͏ هالومتان͏ ها عمومأ جهش‌زا و سرطان‌زا بوده و سلامت انسان را تهدید می‌کند . روش‌های فیزیکی همچون اسمز معکوس و جذب بر روی کربن فعال نیز جهت حذف رنگ͏ ها از پساب مورد مطالعه قرار گرفته است. نقطه ضعف این روش‌ها عمدتأ ایجاد یک فاز جدا حاوی آلاینده محسوب می‌شود و صرفأ آلودگی را از یک فاز به فاز دیگر منتقل می‌کنند. روش اسمز معکوس نیز به فشار بالا نیاز دارد که خود مصرف انرژی را افزایش می͏ دهد. به طور کلی فرآیندهای معمول تصفیه قادر به از بین بردن رنگ‌های موجود در فاضلاب نیستند. بنابراین نیاز به یک سیستم کارامد برای حذف مؤثر این ترکیبات از محیط‌های آبی احساس می‌شود.