در فرآیند لجن فعال، فاضلاب ابتدا وارد یک مخزن هوادهی (واکنش) می شود. در این مخزن فاضلاب در مجاورت و دسترس باکتریها قرار میگیرد. باکتری ها با استفاده از اکسیژن تزریق شده و انجام فعالیتهای بیولوژیکی خود، مواد آلی موجود در فاضلاب را تجزیه کرده و به داخل بدن خود جذب می کنند.
جذب مواد آلی به داخل باکتری سبب حذف مواد آلی از جریان فاضلاب و تصفیه آن میگردد. باکتریها بخشی از این مواد غذایی را بصورت انرژی به مصرف خود رسانده و بخشی دیگر را برای تکثیر و تولید باکتریهای جدید مورد استفاده قرار میدهند.
پس از فرآیند جذب و تجربه مواد در مخزن هوادهی مخلوط فاضلاب و میکروارگانیسم ها وارد مخزن ته نشینی ثانویه میشوند. در این مخزن برخی فعالیتهای بیولوژیکی سبب چسبیدن میکروارگانیسمها و باکتری ها به یکدیگر و ایجاد لخته میشود. این لخته ها به سبب وزن مخصوص بیشتر از آب به سمت پایین حرکت کرده و به تدریج در کف مخزن ته نشین شده و لجن بیولوژیکی را تشکیل میدهند.
در این مرحله این لجن که حاوی مقادیر بسیار زیادی از میکروارگانیسمها و باکتری های موثر در تصفیه فاضلاب است، به مخزن هوادهی برای ادامه فرآیند برگشت داده میشود که به آن ((لجن فعال برگشتی)) گفته میشود. در واقع نام ((لجن فعال)) به سبب همین فعالیت دائم لجن (توده میکروارگانیسم و باکتریها) در این فرآیند میباشد. بخش دیگر لجن نیز که مازاد بر نیاز تصفیه است از سیستم دفع میگردد.
